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Dès 1932, une usine pétrochimique fabriquant du plastique, installée en 1907, rejette de nombreux résidus de métaux lourds dans la baie de Minamata. L’oxyde de mercure (Hg inorganique) sert de catalyseur dans la synthèse de l’acétaldéhyde. Bien que le Hg rejeté soit sous forme inorganique, peu biodisponible, la salinité et l’activité bactérienne des microorganismes marins transforment le Hg en forme organique (méthylmercure), très biodisponible et très toxique. 20 ans plus tard, les premiers symptômes apparaissent plus particulièrement dans les familles de pêcheurs. Les chats atteints de convulsions se jettent dans la mer du haut des falaises. Suite à la consommation de poissons, 111 victimes et 400 cas de problèmes neurologiques sont recensés entre 1953 et 1965. Même si en 1959, un médecin de la firme acquiert la certitude que les troubles observés sont liés à la pollution mercurielle, les déversement continueront jusqu’en 1968, date à laquelle un procédé plus moderne, moins coûteux et accessoirement moins polluant est mis au point. Entre 1932 et 1968, pas moins de 81 t de Hg sont rejetés dans l’eau. Des analyses révèlent des concentrations en Hg dans les sédiments pouvant atteindre plus de 2 g/kg et 0,15 g/kg de poids sec de méthylmercure dans les vases. La bioamplification est responsable de cette accumulation en Hg tout au long de la chaîne trophique. Les concentrations maximales en Hg dans les coquillages et les poissons sont respectivement de 179 mg/kg de poids sec (OMS: 2,5 mg/kg) et 23 mg/kg de poids frais (OMS: 0,5 mg/kg), celles dans le poisson sont 100 000 fois plus fortes que dans l’eau de mer et celles dans le cheveux des malades peuvent atteindre 705 µg/kg (OMS: 10 µg/g). Les principaux symptômes sont des dysfonctionnements du système nerveux : restriction du champ visuel, altération de la parole, de l’audition et de la marche, tremblements, modifications du comportement, malformations des nouveaux-nés… L’activité de la société est arrêtée et la pêche interdite pendant plus de 40 ans. Des opérations de dragage menées pour retirer 1,5 million de m³ de sédiments s’élèvent à 48 milliards de yen. 39 ans plus tard, la ‘maladie de Minamata’, intoxication par des composés mercuriels, est officiellement diagnostiquée chez 2 252 patients, plus de 1 000 personnes sont mortes. En 1996, les victimes sont indemnisées. En 2004, la Cour Suprême du Japon rend responsable de cette contamination le gouvernement central et celui de la préfecture de Kumamoto.