Mi-juillet 2001, la DDASS recense la déclaration successive de 3 cas de légionellose domiciliés dans le 3ème arrondissement de Lyon. Une enquête épidémiologique et environnementale est menée afin d’identifier une source commune de contamination. Les premiers éléments de l’enquête évoquent une situation de cas groupés, similaire à celle des épisodes de Paris et Rennes, dont l’origine était une contamination extérieure par les systèmes de refroidissement de tours aéroréfrigérantes (TAR). Entre le 1er juin et le 15 septembre 2001, 26 cas de légionellose sont identifiés, parmi lesquels seuls 21 cas répondent à la définition de cas communautaires groupés. Sur 21 personnes contaminées, on dénombre 1 décès. Le facteur commun à ces différents cas est la fréquentation de lieux situés dans une zone centrée sur le nord du 3ème arrondissement et le sud du 6ème et s’étendant sur un axe nord-ouest/sud-est de 5 km en direction du sud-est de Villeurbanne, des 3ème, 4ème et 6ème arrondissements de Lyon. Le 27/07/2001, le Préfet demande aux exploitants, par arrêté, d’effectuer des analyses de légionelles dans leur TAR, de les désinfecter et de communiquer les résultats à la DDASS. Au 22/08, à la suite de cet arrêté, parmi les 10 exploitants ayant répondu de la DDASS, seules 6 installations sont déclarées à l’inspection des installations classées. Huit des TAR donnent de bons résultats et 2 des concentrations supérieures aux seuils réglementaires. Durant cet épisode, 3 profils génomiques de légionelles sont identifiés dont celui de la souche ‘Paris’. La source de contamination serait une installation aéroréfrigérante localisée dans une zone délimitée par Villeurbanne et les 3ème, 4ème et 6ème arrondissements de Lyon. Les analyses environnementales menées sont non exhaustives et insuffisantes pour identifier précisément la source de contamination.